Urodzony w 1974 w Czersku. W latach 1994-1999 studia w warszawskiej Akademii Sztuk Pięknych. Dyplom z wyróżnieniem na Wydziale Malarstwa w pracowni prof. Rajmunda Ziemskiego, aneks z litografii u prof. Władysława Winieckiego. Od 1999 roku związany z macierzystą uczelnią. Profesor sztuk pięknych, kierownik Pracowni Litografii, Dziekan Wydziału Grafiki w latach 2012–2016 i 2016–2020, kierownik Katedry Grafiki Warsztatowej od 2016 roku.
W 2008 roku został laureatem Nagrody im. Tadeusza Kulisiewicza. Jest też wielokrotnym laureatem warszawskiego konkursu Najlepsza Grafika Miesiąca. W latach 2011 i 2014 otrzymał nagrody PTWK za Najpiękniejszą Książkę Roku oraz Nagrodę Honorową Towarzystwa Bibliofilów Polskich (2011).
Prowadzi Pracownię Litografii (dla studentów I–V roku) na Wydziale Grafiki ASP w Warszawie.
Profesor Błażej Ostoja Lniski został wybrany rektorem Akademii Sztuk Pięknych w Warszawie na kadencję 2020-2024.
W księgozbiorze biblioteki warszawskiej ASP:
Portret Warszawy : początek XXI wieku : warszawska architektura przemysłowa = portrait of Warsaw : early 21-st century : the industrial architecture of Warsaw / wstęp Kazimierz Kotasiak ; opracowała Katarzyna Kasprzyk ; tłumaczyła Monika Myszkiewicz. Warszawa : Five o’clock and Art Gallery, 2007. – 49, [1] strona : ilustracje ; 30 cm.